Il ne resterait qu'entre 10.000 et 20.000 individus. Les bonobos sont très menacés : leur nombre aurait diminué de moitié durant les 20 dernières années. Les braconniers les chassent illégalement pour les vendre comme viande de brousse, comme animaux de compagnie, ou pour leurs soi-disant vertus médicinales (on les utilise notamment dans la médecine traditionnelle). Ils sont aussi victimes des guerres. Mais la plus grande menace reste la destruction de la forêt tropicale pour l'exploitation agricole (cultures, élevage...) Si la déforestation continue à la même vitesse, on pense que le bonobo aura totalement disparu d'ici 50 à 70 ans.
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